Döner sermaye işletmesinin Yönetim Kurulu, Yükseköğretim Kurumu Yönetim Kuruludur. Anılan Yönetim Kurulu; işletmeyi idare etmek üzere Yürütme Kurulu oluşturabilir ve yetkilerini uygun gördüğü ölçüde Yürütme Kuruluna devredebilir. Yürütme Kurulu, Yükseköğretim Kurumu Yönetim Kurulu tarafından seçilecek bir rektör yardımcısı, üç öğretim elemanı (dekan ve yüksekokul müdürü de olabilir) ve döner sermaye işletme müdürü olmak üzere beş kişiden oluşur.

     Döner sermaye işletmesinin hizmetleri; Yönetim Kurulu, harcama yetkilisi, işletme müdürü, gerçekleştirme görevlisi, muhasebe yetkilisi, veznedar, muhasebe yetkilisi mutemedi, taşınır kayıt yetkilisi, taşınır kontrol yetkilisi ve diğer personel tarafından yürütülür.

     Muhasebe hizmetleri ise Hazine ve Maliye Bakanlığı tarafından kurulan saymanlıklarca yürütülür.